CMV肺炎与其他病毒性肺炎仅就本身的临床症状，不易区别，若伴有全身其他症状可作参考，确诊需靠实验室的病原诊断，此外CMV肺炎尚应与败血症，单纯疱疹，先天性麻疹和弓形体病等表现有肺炎者相鉴别。
1.病毒性肺炎是由多种病毒感染引起的支气管肺炎，多发生于冬春季节。临床表现一般较轻。主要症状为干咳，发热、呼吸困难、紫绀和食欲减退，肺部体征较少，血白细胞计数正常或稍增高。胸部X线检查有斑片状炎症阴影，一般病程约1-2周。
2.败血症是由致病菌侵入血液循环并在其中生长繁殖，产生毒素而引起的全身性感染，易在人体抵抗力降低的情况下发生。临床上主要表现为寒战、高热，毒血症症状，皮疹、关节痛、肝脾大，感染性休克，迁徙性病灶等，绝大多数呈急性病程，病情重，预后差，如今更进一步认为败血症是致病菌及其毒素和代谢产物进入血流后激活并释放炎症介子而引起的一系列连锁反应过程。
3.单纯疱疹是一种传染性皮肤病，由单纯疱疹病毒(herpes simplex
virus，HSV)感染所致。单纯疱疹的临床特征为皮肤黏膜成簇出现单房性的小水疱，主要发生于面部或生殖器等局部，易于复发;全身症状一般轻微;但若发生疱疹性脑炎或全身播散性疱疹，则病情可相当严重，甚至危及生命。
4.麻疹(measles,rubeola,morbilli)是麻疹病毒引起的急性呼吸道传染病，主要症状有发热，上呼吸道炎、眼结膜炎等，而以皮肤出现红色斑丘疹和颊粘膜上有麻疹粘膜斑为其特征，本病传染性极强，在人口密集而未普种疫苗的地区易发生流行。
5.弓形体病(toxoplasmosis)是由弓形体(Toxoplasma gondii)引起的人畜共患性原虫病，本病为全身性疾病，呈世界性分布，人群普遍易感，但多为隐性感染，发病者由于弓形体寄生部位及机体反应性的不同，临床表现较复杂，有一定病死率及致先天性缺陷率，近年确认本病为艾滋病重要的致命性机会性感染。
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