1.全身支持治疗
对施行大手术患者，手术前注意补充营养，亦可肌注丙种球蛋白以提高机体免疫机能。也可试用注射转移因子，免疫核糖核酸、胸腺素等，亦可用白细胞介素-2。
2.病因治疗
如由于巨结肠，胆囊炎引起的肠球菌过度繁殖；维生素缺乏造成的肠球菌减少或消失；小肠蠕动过快而引起的酵母菌过多等，都必须先除去病因，然后再扶持正常菌群。
3.调整菌群治疗
（1）饮食调整 发酵性腹泻应限制碳水化合物；腐败性腹泻应限制蛋白质的摄入。增强肠黏膜的局部防御屏障功能，防止细菌易位，应增加纤维食物。
（2）抗菌药物 立即停止原抗生素，应根据菌群分析以及抗菌药物敏感试验，选用合适的抗生素以及抑制过度繁殖的细菌，从而间接扶植肠道繁殖不足的细菌。此外还可采用广谱抗菌药物将肠道细菌大部分消灭，然后再灌入正常肠道菌群的菌液以使其恢复。
（3）益生菌制剂 目前常用的益生菌制剂有嗜酸乳杆菌、保加利亚乳杆菌、乳酸乳杆菌、芽胞乳杆菌、双歧杆菌、粪链球菌、大肠杆菌、粪杆菌和枯草杆菌等。还可以用正常人大便悬液做成复方活菌制剂用来治疗艰难梭菌引起的伪膜性肠炎，收到较好的效果。
（4）益生元制剂 口服益生元制剂，亦可达到扶植正常菌群的目的。如用乳醣扶植肠杆菌，用叶酸扶植肠球菌。应用半乳糖甙-果酸，受细菌分解后形成乳酸或醋酸，使pH值降低，抑制其他细菌，而支持乳杆菌生长。
（5）耐药性肠球菌制剂 日本目黑氏等采用增厚传代培养法获得了耐链霉素、红霉素、四环节、氨苄青霉素的肠球菌一类链球菌BIO—4R株。经动物和人体内试验表明，本菌具有耐多种抗菌素性，故能阻止其他菌群异常繁殖，克服菌群失调，改善大便性状异常，且比以往单用抗菌素治疗疗效迅捷，并能防止粪链球菌BIO—4R株的耐药因子向大肠杆菌K—12株转移。
（6）中医中药 中医认为：“泄泻之本，无不由于脾胃”。急性泄泻病多偏实，责在脾胃；慢性泄泻病多为虚，每及脾肾。前者当清热化湿，后者应高补脾肾。
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