始基囊肿发生于成釉器发育的早期阶段，牙釉质和牙本质形成之前，在炎症或损伤刺激后，成油器的星网状层发生变性，并有液体渗出，蓄积其中而形成囊肿。
囊肿的组织病理发生和原因尚未确定，大多认为发生自牙源上皮发育异常的早期阶段——牙板及其剩余，因此不少学者将其归类于始基囊肿，但角化囊肿可以含牙，其内容为白色或黄色的油脂样角化物质;生物学行为具有侵袭性，较易复发;组织学上衬里上皮增殖较为活跃。这些特点有别于始基囊肿，因此，二者宜分开讨论。
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