1.感染中毒性疾病 由于小儿肝脏的生物转化功能尚不健全，对从体外进入的药物或其他有毒物质，或体内产生的代谢活性物质或终末产物缺乏足够的灭活减毒能力，所以容易发生肝损害和肝功能异常。感染性疾病如败血症、伤寒、传染性单核细胞增多症、钩端螺旋体病。中毒性肝炎、寄生虫病等常并发肝功能异常。因此是原发的肝病还是继发的肝损害乃是临床经常遇到的问题，应注意区别。
2.婴儿肝炎综合征 新生儿肝炎综合征或婴儿肝炎综合征作为临床病名是可以的，但病原学上包括可经母婴传播的乙型肝炎病毒、丙型肝炎病毒(HCV)、庚型肝炎病毒(HGV)，以及巨细胞病毒(CMV)、EB病毒、各种肠道病毒、副黏病毒、单纯疱疹病毒、弓形虫等，要作出明确病原诊断常因各种临床限制而相当困难。好在多数新生儿肝炎的临床经过是良好的。
3.营养性疾病 小儿慢性肝炎的局部症状不明显，有时只有一般健康和生长发育状况不佳。在考虑营养不良等常见病的同时，应对肝脏情况和HBV血清标志物进行检查。另一方面，近年又出现不少营养过剩的肥胖儿童,因肝功能生化检测结果异常而误诊为肝炎的亦不少。
4.代谢性疾病 偶有e抗原阳性母亲的婴幼儿发生重症肝炎、肝功能衰竭的，这时需要与少见的一些先天性代谢异常作鉴别，如酪氨酸血症、瓜氨酸血症、糖原贮积症、半乳糖血症、肝豆状核变性等，患儿也有肝大和肝功能衰竭临床表现。由于急性乙肝病毒重症肝炎的HBsAg常为阴性，更增加乙肝诊断的困难。这时病原学诊断不能依靠HBsAg，此时HBV DNA、抗HBc IgM检测有较大意义。
需综合流行病学特征、临床表现，主要靠特异性诊断的实验方法。
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